La iglesia sirvió como un símbolo para en el proceso de independencia de México y todo el movimiento insurgente. La Virgen de Guadalupe el símbolo utilizado en la bandera cuando inició la guerra por la independencia. Miguel Hidalgo y Costilla, es conocido como el Padre de la Patria, quien también fue un sacerdote antes de la independencia de México.

La noche del 15 de septiembre las campanas de la iglesia de Dolores Hidalgo fue el epicentro del levantamiento armardo y un cura evocó a uno de los símbolos más poderosos para la población de la Nueva España, la Virgen de Guadalupe, incluso algunas versiones de este llamado dicen que llamó a iglesia.

Diferentes versiones del Grito de Independencia que iniciaron el proceso de independencia

Manuel Abad y Queipo (1810):​

"¡Viva nuestra madre santísima de Guadalupe!, ¡viva Fernando VII y muera el mal gobierno!"

Diego de Bringas (1810):​
"¡Viva la América!, ¡viva Fernando VII!, ¡viva la religión y mueran los gachupines!"

Anónimo (1810) recopilado por Ernesto Lemoine Villicaña:​
"Viva la religión católica!, ¡viva Fernando VII!, ¡viva la patria y reine por siempre en este continente americano nuestra sagrada patrona la santísima Virgen de Guadalupe!, ¡muera el mal gobierno!"

Juan Aldama (1811):​

" ¡viva América!, ¡viva la religión y muera el mal gobierno!"

Servando Teresa de Mier (1813):​
"¡Viva Fernando VII y la Virgen de Guadalupe!"

Lucas Alamán (1840):​
"¡Viva la religión!, ¡viva nuestra madre santísima de Guadalupe!, ¡viva Fernando VII!, ¡viva la América y muera el mal gobierno!" A lo que el pueblo respondió: "¡Viva la Virgen de Guadalupe y mueran los gachupines!"

Además, hay que recordar que la Iglesia trabajó con el gobierno mexicano, hasta su separación definitiva establecida por las Leyes de la Reforma, siendo así uno de los primeros países laicos de Latinoamérica.

Por lo que, fue clara su participación en la guerra de independencia y en todo el proceso, pues incluso en los inicios de la Constitución Mexicana se prohibía legislar en contra de religión alguna.